В 1997 году, когда была организована Хорезмская Академия Мамуна, функционировали отделы: История, археология и философия, Язык и литература, Проблемы биологии, которые функционировали в 1998-2003 году. Заведующим отделом Истории, археологии и философии был к.и.н. А.Абдурасулов, Языка и литературы – сначала проф. С.Рузимбаев, потом – З.Дусимов, Проблемы биологии – проф.К.Сафаров. С 2003 года в связи с переходом в республике на систему гранта отделы были упразднены и до 2010 года все вопросы решались непосредственно руководителями грантов. В 2010 году эта задача обсуждалась на научном совете Академии и в целях повышения эффективности проводимых обсуждений диссертаций в различных научных отраслях, семинаров, правильного налаживания управления, отделы по крупным научным отраслям были преобразованы. На 3 отделах были назначены руководители и научные секретари.