Xorazm Ma’mun akademiyasi tashkil etilgan paytda (1997) Tarix, arxeolgiya va falsafa, Til va adabiyot hamda Biologiya muammolari bo’limlari tuzilgan edi. 1998-2003-yillarda mazkur bo’limlar faoliyat yuritgan. Tarix, arxeologiya va falsafa bo’limi mudiri – t.f.n. A.Abdurasulov, Til va adabiyot bo’limi mudiri – dastlab prof. S.Ro’zimboev, keyinchalik prof.Z.Do’simov, Biologiya muammolari bo’limi mudiri – prof.K.S.Safarov bo’lgan. 2003-yildan respublikamizda grant tizimiga o’tilish munosabati bilan bo’limlar tugatilgan va 2010-yilgacha barcha masalalar bevosita grant rahbarlari orqali hal etilgan. 2010-yilda bu masala akademiya Ilmiy kengashida muhokama etildi va turli sohalarda o’tkaziladigan dissertatsiya muhokamalari, seminarlar samaradorligini oshirish, boshqaruvni to’g’ri yo’lga qo’yish maqsadida yirik fan sohalari bo’yicha bo`limlar qayta tashkil etildi. 3 ta bo`limga rahbarlar va ilmiy kotiblar belgilandi.